魅蓝E使用了基于YunOS 5.1.1的Flyme 5.2.1.1Y系统，虽然经过深度定制后的Flyme 5与其它魅族系列手机使用方式并无其二，但阿里系的血液依旧流淌在魅蓝E中，在某些方面Powered by YunOS的Flyme更具特色。
基于YunOS 5.1.1的Flyme 5.2.1.1Y系统
该版本下系统设计依然沿用了魅族扁平化的风格，图标以矩形或圆形为主，文件夹为半透明状，整体感觉清新淡雅却不失特色。
M-touch支持微信支付宝指纹支付
用了就回不去的M-touch交互是Flyme系统的一大亮点，轻触返回、长按进入Home按键，只需一个按键，就能完成传统手机3个按键所有操作，该功能在YunOS版的魅蓝E上也被完整地保留。此外这颗Home键的指纹识别不仅支持解锁，还加入了指纹支付，国内常用的支付宝和微信支付一个不落。
基因延续：阿里此刻
虽然在Flyme中没有了YunOS标志性的卡片设计，不过阿里的气息依然存在，魅蓝E当中也内置了一些阿里方面的应用，包括淘宝、天猫、阿里此刻、去哪儿旅行、新浪微博等。
YunOS可以与Flyme账号进行深度融合，Flyme账户可以和淘宝账户绑定进行购物，照片也可以同步到YunOS网盘中，基于YunOS的Flyme系统提供更强大的云服务功能，除了海量云存储空间之外，传输速度也得到了一定的提升。
系统集成的一款名为阿里此刻的应用，它可以将系统中应用打通整合，这也是YunOS版Flyme 5系统最大的不同之处。在这款应用首页，集成了网址导航、搜索以及买卖、购物等众多服务在其中，下半部是可自行订阅的新闻资讯，此外还能添加一系列的卡包，例如将支付宝扫码放进去，以便随时使用。
轻服务是YunOS灵魂所在
无需安装应用，便可以使用到APP所具有的功能，轻服务是YunOS灵魂所在，在阿里此刻中这点体现的淋漓尽致。在设置中我的轻服务可找到众多项目，包括闲鱼、淘票票等热门应用，使用起来非常方便。
总的来说，在常规功能上，魅蓝E所搭载的YunOS 5.1该有的功能一个不少。在许多细微的地方，多了阿里系基因后，Flyme的表现更加出色。
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