在手机的系统方面，神舟灵雅E50 S1颇有些反其道而行之的意思。我们都知道在2013年，越来越多的国产厂商开始开发自家专属的UI，但神舟灵雅E50 S1却并未对Android原生系统进行太多变动。虽然一些图标多少有所更改，但更多的操作方式还是延续了Android原生的特性。虽然这让神舟灵雅E50 S1看起来有那么一些不主流，但从好的角度来说，任何一名用户都能轻松上手，而且手机的流畅性也还很不错。

 
神舟灵雅E50 S1的整体风格还是更偏向原生

 
解锁界面保留了原生Android 4.2的所有特色

    在主界面Android原生的影子其实不是太明显，毕竟图标都有所更改，壁纸也精挑细选了一张夜景图片。不过在解锁界面Android特性就很明显了，下滑解锁，左右滑动切换解锁屏幕，点击“+”将部分应用的快捷方式添加到解锁界面等等，这些都是Android的基本特性。

 
仍旧是原生风格好上手的下拉通知栏

 
壁纸也是原生特色，保留了应用列表页

    这款手机搭载了Android 4.2.2系统，手机自带的壁纸中，除了已经预设为壁纸的这张夜景图片外，其他的都是传统的Android风格。另外这款手机的下拉通知栏中的快捷按钮以及单独的应用列表页也都是Android的味道，应用的图标有一些改变，但是这些操作方式并没有什么不同。虽然看起来神舟灵雅E50 S1的UI视觉冲击力并不是很强，不过由此带来的流畅性、兼容性、稳定性还是让人称赞的。